墨玉县有14个乡、2个镇，分别是喀拉卡什镇、喀尔赛乡、奎牙乡、扎瓦乡、阿克萨拉依乡、乌尔其乡、托胡拉乡、萨依巴格乡、加汗巴格乡、普恰克其乡、芒来乡、阔依其乡、雅瓦乡、吐外特乡、英也尔乡···